临床肿瘤学杂志

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乳腺癌冰冻和石蜡包埋样本的RNA以及基因表达情况的比较研究

孙 冰1,郭晓红2,江泽飞1,张 峰,吴世凯1,张利利,王敦梅3,宋三泰1   

  1. 1 100071 北京 军事医学科学院附属医院乳腺癌内科 2 515041 汕头大学医学院病理学教研室 3 100029 中国科学院北京基因组研究所
  • 收稿日期:2009-09-25 修回日期:2009-11-30 出版日期:2010-07-25 发布日期:2010-07-25
  • 通讯作者: 王敦梅,宋三泰

  • Received:2009-09-25 Revised:2009-11-30 Online:2010-07-25 Published:2010-07-25

摘要: 目的 比较乳腺癌新鲜冰冻和石蜡包埋样本中提取总RNA的质量,并分析其基因表达情况。方法 收集新鲜冰冻及其石蜡包埋的人乳腺癌组织共5对,另取10例保存时间为1~10年不等的人乳腺癌组织石蜡样本。试剂盒提取总RNA,用随机引物实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)分析新鲜冰冻与其石蜡样本的mRNA表达情况,并对不同保存时间的石蜡样本比较扩增管家基因不同产物长度的Ct值差异,以了解RNA降解程度。结果 新鲜冰冻后的石蜡样本RNA片段长度弥散分布在200bp左右,扩增90bp长度ACTB基因的有效RNA模板量仅为相应冰冻样本的0.46倍(<0.05)。冰冻样本扩
增90bp产物的Ct值显著低于其扩增203bp的Ct值(=0.02),提示冰冻样本RNA有一定降解。石蜡样本mRNA表达与相应的冰冻样本无显著差异(>0.05),两种样本目的基因△Ct值经Spearman相关性分析有显著相关性(=0.954,=0.000)。扩增不同保存时间石蜡样本的3个长度片段的Ct值均有显著差异,随着扩增片段的增大,Ct值也逐渐增加。结论 冰冻样本的RNA相对较完整,质量较好;石蜡样本的RNA有明显降解,但能够准确反映组织mRNA水平表达情况;石蜡样本
的Ct值随扩增片段的增大而逐渐增加,能顺利扩增150bp左右长度的产物,为石蜡样本的进一步研究提供实验基础。

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