摘要: 目的探讨基因表达汇编(GEO)及癌症和肿瘤基因表达图谱(TCGA)数据集中胃癌组织的SMARCA1表达情况及其与胃癌临床病理特征和预后的关系。
方法利用GEO和TCGA数据集汇总胃癌相关数据,下载胃癌组织SMARCA1表达数据及临床病理参数。分析SMARCA1表达与胃癌临床病理学特征和总生存期(OS)的关系;采用基因集富集分析(GSEA)预测SMARCA1相关的基因通路。
结果在GSE62254数据集中,SMARCA1表达与T分期有关(P=0022),而与TNM分期、性别、年龄和N分期均无关(P>005)。在TCGA数据集中,SMARCA1表达与T分期、性别、年龄、N分期、TNM分期和组织学分级均无关(P>005)。GSE62254数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为364个月、894个月和未达(P=0001);TCGA数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为237个月、294个月和562个月(P=0033)。GSEA结果显示,SMARCA1高表达样本富集了KRas、Akt、BMI1和mTOR通路等基因集。
结论胃癌组织中SMARCA1的表达与T分期有关,高表达患者的预后不良,可作为潜在评估胃癌预后的分子标志物。
郭金锋, 王硕, 郭天舒, 李智. 利用GEO及TCGA数据集分析SMARCA1在胃癌中的表达及其临床意义#br#[J]. 临床肿瘤学杂志, 2018, 23(6): 528-532.
GUO Jinfeng, WANG Shuo, GUO Tianshu, LI Zhi.. Analysis of SMARCA1 expression and its clinical significance in gastric cancer with databases of GEO and TCGA[J]. Chinese Clinical Oncology, 2018, 23(6): 528-532.